海洋動物学者として世界的に著名なジェイク・テリル博士（ジョージ・Ｃ・スコット）は、フロリダの沖合い遠くの小島にイルカを研究するための研究所を持っていた。現代科学の粋を集めて建設された施設で、6人の助手たちと共に、1頭のイルカに簡単な英語を教えていたが聡明なテリルは自分の研究が、政治の力によって悪用される危険性を充分知っており、スポンサーである財団にも報告していなかった。だが、政府の調査機関では早くもそのことをかぎつけて、テリルの研究に対する調査を開始していた。テリルが母親代わりになって育てたイルカはファー（アルファー）と名づけられ、彼を「パー（パパ）」と、呼吸孔から出す可愛い声で呼ぶほどに成長していた。いってみれば、ファーはテリルと彼の妻マギー（トリシュ・ヴァン・デベール）の1人息子のような存在だったのだ。テリルはそんなファーに花嫁を与えることにした。この牝イルカはビー（ベータ）と名づけられた。プールで楽しそうに遊び廻る2頭のイルカは幸福そうだった。ファーがビーにイルカの言葉を教わったため、一時テリルとの英語による会話に応じなくなるという問題が起こったが、それが解決すると学習はどんどん進むようになり単語をいうだけだったファーが構文も覚えるようになった。ビーもファーから教わって、人間との会話ができるようにまで成長した。財団がテリルの研究に介入し始めたのは、その頃だった。水上飛行機で島にやってきた財団管理官デマイロ（フリッツ・ウェーバー）は、研究の具体的成果をこれ以上秘密にするなら、援助を打ち切ると通告してきた。やむなくテリルは彼に研究所の中を案内し、そして政府の調査機関員マホニー（ポール・ソルビノ）の訪問を許してしまった。マホニーはデマイロの弱点を握り、圧力をかけていたのだ。翌日、島を訪れたマホニーはテリルの非協力的な態度を感じ取り一通りの研究施設とイルカを見ると去っていったがすぐにまた1人の部下を連れ密かに引き返してきて、テリルたちに悟られないように島のジャングルの中にひそんだ。次にやってきたのは財団の理事5人だった。一同はテリルと会話を交わすファーに眼を見はり、テリルとマギーを財団事務局に招待した。だが、異様な雰囲気に気づいたテリルは急いで島に戻ったが、すでにファーとビーは研究助手のデビッド（ジョン・コークス）に連れ去られていた。デビッドは財団のまわし者だったのだ。頭をかかえるテリルたちの前に、突然マホニーが姿を現わし、部屋の中に仕掛けられた盗聴マイクをあばき、一同を庭に連れ出して事の真相を語って聞かせた。財団の理事の1人は元ＣＩＡの高官である。マホニーが属しているのは同じ政府でもまた別の機関で、彼は財団理事たちの企んでいるらしい陰謀を探りだすために調査を続けていたのだ。その頃、ファーとビーはカリブ海のある場所で、デビッドから特殊な訓練を受けていた。それは時限装置と磁石のついた機雷を、大統領の乗ったヨットの船底につけようという陰謀だったのだ。敵のスキを見て逃げ帰ったきたファーからその様子を聞いたテリルとマホニーは急いでモーターボートで出発したが、途中で燃料が切れてしまい、、最後の手段としてテリルは、ファーにビーを探し出して止めるように命じた。ファーは間一髪でそれに成功し、おまけに機雷を理事たちの乗った船につけたのだ。テリルは研究施設をすべて放棄して逃げる決心をする。過去の自分の研究が、純真なイルカの心を傷つける結果になったことを後悔したからだ。ファーとビーを海に放し、外海へでるよう命じる彼の心ははり裂けんばかりに痛んだが、すぐやってくるであろう組織の復讐を考えると、こうするより他に方法がなかった。「パー」といつまでも海岸で呼びつづけるファーの声が彼ら夫婦の耳にはつらかった。