紀元前1300年、多くのヘブライ人が暮らす古代エジプト。増えすぎたヘブライ人の男児を殺すようファラオ（エジプト王）が命じたため、赤ん坊だったモーゼも川に流される。しかし、エジプトの王女に拾われ、王子のラムセスと兄弟同然に育てられる。時が経ち、成長したモーゼ（クリスチャン・ベイル）は、ラムセス（ジョエル・エドガートン）と共に兵を率いてヒッタイト帝国との戦いで敵を撃破するなど、王国での地位を確立しつつあった。しかし、ヘブライ人の長老ヌン（ベン・キングズレー）から、自分がヘブライ人であることを知らされる。モーゼは、ヘブライ人を鞭打ちにしていたエジプト人を殺害し、国を追放される。やがて、エジプト人による虐待から救うため、40万のヘブライ人を“約束の地（現在のパレスチナ）”へ導くため、モーゼはエジプトに戻る。ファラオとなっていたラムセスにヘブライ人の退去を提案するが、拒否される。すると、エジプトにとって災いとなる“10の奇跡”が起こり、ラムセスはヘブライ人の退去を認める。モーゼたちはエジプトを脱出するが、ラムセス率いるエジプト軍の襲撃を受ける。モーゼたちは紅海に追い詰められ、誰もが絶体絶命だと覚悟するが……。