徳川綱吉が将軍職にあり、鎖国で海外と断絶していたころの日本。魑魅魍魎の跋扈していた諸国も、武家の支配によって安寧を保っていた。そんな諸国の一つに、名君浅野内匠頭（田中泯）を領主とする播州赤穂があった。秘かに赤穂を併呑する野望を持つ吉良上野介（浅野忠信）は、側室の謎の女ミヅキ（菊地凛子）と共に、ゆくゆくは徳川家も滅ぼして天下を取ろうと目論んでいた。カイ（キアヌ・リーヴス）は子供のころ、どこからとも知れず赤穂に流れてきた異端児で、領主浅野に助けられ、浅野の娘ミカ（柴咲コウ）にも愛されながら、郊外の小屋で暮らしてきた。以来、カイは、浅野父娘のためなら、命に替えてもその恩と愛に報いたいと思っていた。綱吉が赤穂を訪れていたある夜、浅野は城内でミヅキの妖術により我を失い、寝所の吉良に切りかかって傷を負わせる。それを目撃した綱吉は浅野に切腹を命じ、浅野家は取り潰される。一連の出来事を吉良の謀略と訝っていた家老・大石内蔵助（真田広之）ら家臣たちは浪人へ身を落とす。吉良は赤穂を領地とし、ミカは1年の喪明けに吉良と婚儀を挙げることに。大石は吉良によって地下牢に押し込められ、家臣たちは四散、カイは奴隷としてオランダ人に売られる。1年後、牢から出された大石は、百姓家に身を寄せていた妻りくや息子の主税（赤西仁）と再会し、家臣たちと共に仇討ちを決意する。大石は出島に乗り込み、死闘の末にカイを救出し、婚儀が迫るミカの救出に協力を乞う。圧倒的な戦力と妖術を持つ吉良に、固い決意と仲間の絆で挑む大石たち四十七士の壮絶な闘いが始まる……。