1945年8月30日。第二次世界大戦で降伏した日本にGHQを引き連れたマッカーサー(トミー・リー・ジョーンズ)が降り立つ。直ちにA級戦犯の容疑者たちの逮捕が命じられ、日本文化の専門家であるボナー・フェラーズ准将(マシュー・フォックス)は“名誉”の自決を止めるため、部下たちを急がせる。その頃、前首相東條英機(火野正平)は自ら胸を撃つが、心臓を外して未遂に終わる。マッカーサーはフェラーズに、戦争における天皇(片岡孝太郎)の役割を10日間で探れと命じる。連合国側は天皇の裁判を望み、GHQ内にもリクター少将(コリン・モイ)を始めそれを当然と考える者たちがいたが、マッカーサーは天皇を逮捕すれば激しい反乱を招くと考えていた……。大学生の頃、フェラーズは日本人留学生アヤ(初音映莉子)と恋に落ちるが、彼女は父の危篤のため帰国。あれから13年、フェラーズは片時もアヤを忘れたことはなかった。だがアヤの捜索を頼んでいた運転手兼通訳の高橋(羽田昌義)から、アヤが教員をしていた静岡周辺は空襲で大部分が焼けたという報告が届く。そんな中、フェラーズは開戦直前に首相を辞任した近衛文麿(中村雅俊)に会い、開戦の3ヶ月前、戦争回避のため秘密裏に米国側と接したが、国務省がそれを拒否したという事実を知る。調査が行き詰まり、宮内次官の関屋貞三郎(夏八木勲)に狙いを定めたフェラーズは、マッカーサーの命令書を楯に強引に皇居へ踏み込む。関屋は開戦前の御前会議で、天皇が平和を望む短歌を朗読したと語る。説得力のない証言に腹を立てて立ち去るフェラーズだったが、深夜、天皇に最も近い相談役である内大臣、木戸幸一(伊武雅刀)が現れ、天皇が降伏を受諾し反対する陸軍を封じるために玉音放送に踏み切り、千人の兵士から皇居を襲撃されたという経緯を聞かされる、だがその話を証明する記録は全て焼却、証人の多くも自決していた。戦争を始めたのが誰かはわからない。だが終わらせたのは天皇だ。フェラーズはマッカーサーに、証拠のない推論だけの報告書を提出する。マッカーサーは結論を出す前に、天皇本人に会うことを希望。異例の許可が下り、社交上の訪問としてマッカーサーに会うという建前に沿って、ついに天皇がマッカーサーの公邸に現れる。しかし、天皇は周りの誰も知らない日本の未来を決めるある一大決意を秘めていた……。