大都会ニュートークシティを訪れていたサトシ(声：松本梨香)とピカチュウ(声：大谷育江)たちは、ポケモンたちの安全と保護のために設計された施設“ポケモンヒルズ”に立ち寄る。その素晴らしさに驚きながら見学を楽しむサトシたちだったが、突然見慣れないポケモンが現れ、「ウチニカエリタイ……」とテレパシーで語りかけてくる。それは、プラズマ団が3億年前の化石を改造しよみがえらせたポケモン、ゲノセクトだった。同情したサトシは帰るべき場所を一緒に探そうとするが、彼らを引き裂くように赤いゲノセクトが現れ、凄まじいエネルギー弾を発射。だがその絶体絶命のピンチを救ったのは、ミュウの遺伝子から生まれた伝説のポケモン、ミュウツーだった。「ゲノセクトは、本来この世界にいるはずのないポケモンなのです。私と同じように……」ミュウツーはゲノセクトの悲しみを受け止めながらも、街のポケモンたちを襲うゲノセクトと対峙。両者は激しくぶつかりあい、その凄まじい衝撃波が街全体を巻き込み、やがて、そのバトルは互いの限界を超えたポケモン史上最大最速のスピードバトルへと突入していくのだった……。