小さな街ニュー・オランダに暮らす少年ヴィクター(声：チャーリー・ターハン)は、学校から帰ると屋根裏に閉じこもり、科学の実験や映画作りに熱中していた。そんな彼の隣にはいつも最高の相棒──愛犬のスパーキーがいる。ヴィクターの映画に主演することを誇りに思うスパーキーは、ヴィクターの母スーザン(声：キャサリン・オハラ)や父エドワード、そしてヴィクターと一緒に完成した映画を観ることが何よりの楽しみであった。ところがある日、不幸な交通事故がスパーキーの命を奪ってしまう。唯一の親友の死を受け入れられないヴィクターは、ジクルスキ先生(声：マーティン・ランドー)の科学の授業で習った“電気の実験”を応用して、家族にも内緒でスパーキーを生きかえらせることを決意。屋根裏の実験室でヴィクターは、雷のパワーも利用して、ついにスパーキーをつぎはぎだらけの“フラン犬(ケン)”としてよみがえらせる。だが幸せな日々が戻ってきたのも束の間、スパーキーは自分が死んでいることに気づかぬまま家の外へと出てしまい、その“ありえない姿”をヴィクターのクラスメイトや街の人々に目撃されてしまう。やがて、ヴィクターのアイデアを知った子供たちは次々にペットや動物をよみがえらせ、街は大混乱に陥っていくのだった……。