1904年。29歳のユング（マイケル・ファスベンダー）は、チューリッヒのブルクヘルツリ病院で精神科医として働いていた。精神分析学の大家フロイト（ヴィゴ・モーテンセン）が提唱する“談話療法”に刺激を受けた彼は、新たな患者ザビーナ（キーラ・ナイトレイ）にその斬新な治療法を実践。間もなくユングは、ザビーナの幼少期の記憶を辿り、彼女が抱える性的トラウマの原因を突き止めることに成功する。しかし、医師と患者の一線を越えてしまった2人は、秘密の情事を重ねるようになり、ザビーナを巡るユングの葛藤はフロイトとの友情にも亀裂を生じさせてゆく。貞淑な妻よりも遥かに魅惑的なザビーナとの“危険なメソッド”に囚われ、欲望と罪悪感の狭間で激しく揺れ動くユング。やがて彼は、自分自身も想像しなかった痛切な運命を辿ることになるのだった……。