どこかの国の、遠くない未来。人類から進化した“オルフェノク”によって支配された世界。生き残った人間たちは、人里離れた居住区で“人間解放軍”を組織しオルフェノクたちと戦っていた。そして、その一員である真理はライオトルーバー部隊との戦いで行方不明になっている仮面ライダーファイズこと青年・乾巧が救世主となって戻って来ることを信じていた。そんな矢先、真理は巧とそっくりな隆と出会う。実は、それは記憶を失っていた巧だった。やがて、ファイズとしての自分を取り戻した巧は、オルフェノクを裏で操る“スマートブレイン社”に戦いを挑む。そして用意されたコロシアム、ファイズに変身した彼は、壮絶な戦いの末、巨大怪獣と化したエラスモテリウムオルフェノクや、“帝王のベルト”のひとつ“天のベルト”によって起動する仮面ライダーサイガ、そして同じく“地のベルト”によって起動する仮面ライダーオーガ＝勇治との宿命の対決に勝利するが、巧もまたオルフェノクだったことが判明してしまう。しかし、人間たちの夢を守る為、彼は真理と共に更なる戦いの道を歩き始めるのだった。