20世紀初頭の中華民国初期、辛亥革命が起こり、中国全土では覇権をめぐり戦いが絶えず、混沌に陥っていた。登封市(現河南省鄭州市)にある少林寺の僧侶たちは、おびただしい数の死骸の中から、まだ息のある人々を救助していた。そんな中、逃亡した敵の大将を追い、馬に乗った軍人たちが少林寺に土足で踏み込む。粗暴で傲慢な将軍・侯杰(アンディ・ラウ)は、少林寺の中で敵の大将を無残に撃ち殺し、少林寺を愚弄して去る。権力拡大の野望を抱く侯杰だったが、腹心の部下・曹蛮(ニコラス・ツェー)に裏切られ、愛する幼い一人娘も失い、自身も懸賞金のかかったお尋ね者となってしまう。全てを失った侯杰は、かくまってもらった少林寺の料理係(ジャッキー・チェン)の家で髪を切り、出家することを決意。悟りを開いた侯杰は僧侶を率い、戦火に追われる平民たちと少林寺を決死の思いで守るのだが……。