20XX年、“北方連合”と“東連邦”の2大勢力に分断された世界では、熾烈な情報戦が繰り広げられていた。日本は救世主となるべく、警察省警備庁・特別公安局外事五係、通称“サクラ”というスパイを養成する。サクラは過去も国籍も持たず、友と心を通わせることや、任務に失敗したサクラを救うことも許されない。そんなサクラの一員である海棠鋭利（荒井敦史）は、相棒・御津見珀（井上正大）とともに、聖永学園に潜入する。北方連合のテロリスト・島田朝和（細貝圭）の弟・文和（高橋龍輝）を監視するためだ。聖永学園は少数精鋭の全寮制高校で、生徒の自主・自治制を重んじている。そのため、生徒会長の総島惣一郎（加藤慶祐）を中心とした生徒会執行部が学園の規律と秩序を守るという名目で、学園全体を牛耳っていた。鋭利は指令通り文和と親しくなるが、次第に文和に対して本当の友情を感じ始める。そんなとき、朝和から文和に、暗号めいたメールが届く。文和との友情をとるか、任務の遂行をとるか、鋭利の心は揺れ動く。