“伝説の龍の戦士”となっても、相変わらず食いしん坊で軽いノリのポー(声：ジャック・ブラック)は、カンフーの達人、タイガー(声：アンジェリーナ・ジョリー)、モンキー(声：ジャッキー・チェン)、ヘビ(声：ルーシー・リュウ)、ツル(声：デヴィッド・クロス)、カマキリ(声：セス・ローガン)の“マスター・ファイブ”と共に技を磨きながら、平和の谷を守っている。だがそんなポーの前に、世界征服を狙うクジャクのシェン大老(声：ゲイリー・オールドマン)が現れる。シェンはオオカミを味方につけ、どんなカンフーの技も吹き飛ばす武器を開発したのだ。シャンとの戦いの中で、ポーの中に育ての親のピンさんに引き取られる前の記憶が、少しずつよみがえる。なぜガチョウのピンさんは、ポーを我が子として育てたのか。ポーの本当の親は誰で、ポーはいったい何者なのか。そしてポーは真実と向き合う勇気を見つけ、世界を救うことができるのか……。