伝染病が世にはびこる14世紀。十字軍の騎士ベイメン(ニコラス・ケイジ)とフェルソン(ロン・パールマン)は、キリストの名のもとに激しい戦闘を繰り返していた。だが遠征と殺戮の日々に疑問を抱いたベイメンは、フェルソンと共に旅に出る。ふたりは食料を求めて立ち寄ったとある町で捕らえられ、病に伏せる枢機卿より特命を受ける。それは「捕らえている女を人里離れた修道院へ運び、魔女裁判にかけよ」との命だった。魔女は世を荒廃させる疫病の根源だと考えられていたのだ。伝説的な騎士ベイメンとフェルソンに、神父のデベルザック(スティーヴン・キャンベル・ムーア)、腕利きの騎士エッカート(ウルリク・トムセン)、若き侍者カイ(ロバート・シーハン)が加わり、そして詐欺師のハガマー(スティーブン・グレアム)を案内人とし、修道院のあるセヴラックを目指して彼らの旅が始まる。険しい道中、行く手を阻むかのように不可思議なことが起こり、旅の仲間が次々と危険にさらされる。それは＜魔女＞の仕業なのか。やがて彼らの前に想像を絶する巨大な“悪”が姿を現す……。