今は亡き偉大なる魔法使いマーリンの弟子で、善なる魔法使い“マーリニアンズ”を率いる第777代目の最高指導者バルサザール（ニコラス・ケイジ）は一千年近くの間、マーリンの後継者を探して世界中を旅していた。現代のニューヨークで、バルサザールはついにその“選ばれし者”を見つける。しかしその男デイヴ（ジェイ・バルチェル）は、物理学には強いが、ケンカひとつしたことない気弱な大学生だった。突然のできごとに混乱するデイヴの意志をよそに、バルサザールは彼を自分の弟子とし、魔法の技と美学を教えようとする。そのころ、人形の形の“魔法の監獄”に封じ込められていた邪悪なる魔法使い“モルガニアンズ”が、次々と甦ろうとしていた。バルサザールの宿敵マクシム・ホルヴァート、巨大な竜を操るサン・ロック、17世紀の少女の魔女アビゲイル・ウィリアムスらは、史上最悪の女魔法使いモルガナ・ル・フェイ（モニカ・ベルッチ）を蘇らせるために暗躍し始める。それを阻止するには、デイヴに秘められた“謎の力”が覚醒しなければならない。しかしデイヴは魔法使いとしては未熟で、さらに魔法使いの弟子としての自覚がまったくなかった。モルガニアンズが勢力を拡大するなか、バルサザールとデイヴは彼らの陰謀を阻止することができるのか？