幻のポケットモンスター、ミュウの化石から、人間の手によって作られたミュウツー。コピーとして生まれた彼は、自らのアイデンティティーに苦悩し、やがて人間への復讐を企てるようになる。そんなある日、ポケモンマスターを目指し、修行の旅を続けるサトシ少年の元に一通の招待状が届いた。それはミュウツーの仕組んだ罠であったが、そうとは知らないサトシたちは大荒れの海を渡って会場へと向かう。同じ頃、サトシたちの後を追って会場に忍び込んだロケット団は、地下の部屋でポケモンのコピー製造機を発見していた。ミュウツーは、あらゆるポケモンをゲットし、オリジナルより優れたコピーを生産することによって地球支配を狙っていたのだ。果たして、ミュウツーはピカチュウたちを捕らえてコピーを製造。ポケモンたちのオリジナルとコピーを戦わせ、また自らも現れた本物のミュウと戦いを始めるのであった。オリジナルとコピーがいがみ合うなんて、なんて愚かしい行為なんだろう。この無意味な戦いを止めるべく、サトシはミュウとミュウツーを説得しようとするが、光に打たれ倒れてしまう。意識を失ったサトシを心配するピカチュウは、パワーを送ってサトシを救おうとするもサトシは起き上がらない。その時、他のポケモンたちが流した涙がサトシの体を包み込み、彼の命を救った。それを見たミュウツーは愚かな戦いを止め、コピーはコピーとして生きることを決意すると、コピー・ポケモンたちと共に空へと消えていくのであった。そして、戦いを終えたサトシとピカチュウたちは、更なる修行の旅に出発する。