1965年3月、チェ・ゲバラ（ベニチオ・デル・トロ）は「サトウキビ農場の視察に行く」と言い残し、忽然と姿を消した。様々な憶測が飛び交う中、同年10月、カストロ（デミアン・ビチル）はキューバ共産党中央委員会の場で、チェの別れの手紙を公表する。「今、世界の他の国々が、僕のささやかな助力を求めている。別れの時が来たのだ－」。チェはキューバでの地位や市民権をすべて放棄、再び革命の旅への準備を進めていた…。1966年。禿頭の中年男ラモンが、ゲバラ家を訪れる。それはチェが扮装した姿で、彼は“父の友人”として子供たちと食卓を囲み、妻アレイダ（カタリーナ・サンディノ・モレノ）と最後の時を過ごすと、密かにボリビアへ向かった。ボリビアはアメリカと強固な関係を築くバリエントス大統領（ヨアキム・デ・アルメイダ）の独裁政権下にあり、農民やインディオは圧制と貧困にあえいでいた。チェの命を受けて諜報活動をしていた女性戦士タニア（フランカ・ポテンテ）も加わり、新たな革命戦争が始まるが、ボリビア共産党の協力が絶たれたことでゲリラ軍は急速に孤立し迷走していく。ボリビア政府軍は、アメリカの援助を受け、爆撃機まで投入した大規模な一掃作戦を展開。一方、ゲリラ軍は、地元民に裏切られ、食料や医薬品、武器や弾薬さえも尽きかけていた。1967年10月8日。生き残った17人のゲリラ兵は追い込まれ、チェは戦闘で負傷、ボリビア政府軍に捕らえられる。翌10月9日。ボリビア政府の指示により、チェは処刑された。享年39歳。