荒廃し水没した世界の中で堅固な防波堤によって取り残されたニューヨークマンハッタン島。そこに、首を落とされない限り死ぬことのない不死者コリン・マクラウド（声：小栗旬）が現れる。彼は共に旅をするドルイドの僧アメルガン（富田耕生）の忠告に耳を貸さず、愛する女モーヤ（日野由利加）の仇を捜し続けていた。二千年前のケルトの村で永遠の愛を誓ったモーヤは、ローマの将軍マルカス・オクタビウス（山寺宏一）に殺されたのだ。シティの地下住民ダリア（朴[王路]美）は、シティに蔓延したウィルスに侵された仲間を救うため、軍が独占しているワクチンを盗もうと計画していた。ダリアは、コリンが軍の連中をたたきのめすのを目撃、彼に近づく。コリンは目の前に現れたダリアにモーヤの面影を見るが、ダリアの目的を知ったコリンは自分には関係の無い事だと立ち去る。その時、シティの巨大モニターにマルカスの姿が映し出され、コリンは彼こそがシティの支配者であることに気付く。コリンはマルカスのいる巨大な塔に侵入するために、ダリアと手を組む。決死の戦闘の末、塔に潜入したダリアはついにワクチンを入手するが、既に軍によってウィルスが地下に撒かれていたことを知る。一方、コリンはアメルガンの予想通りマルカスとの対決に敗れ、塔から落とされて死んでしまう。しかし、ダリアが駆け寄るとコリンは生き返り、それを見たダリアは驚きを隠せなかった。コリンはダリアに、自分は不死者で二千年もの間、マルカスを追い続けていることを告白。ダリアはコリンの心の痛みを知り、コリンもダリアを通してモーヤの愛の魂が不滅であることを信じ始める。そして、コリンの死からの復活は、虐げられた地下住民たちに立ち上がる勇気をもたらしたのだった……。