マンハッタンにあるケナー・バック＆レディーン法律事務所。そこに所属する元検察官のマイケル・クレイトン（ジョージ・クルーニー）は、裏で仲介に立って交渉をまとめる“もみ消し屋”＝“フィクサー”として長年にわたって活躍していた。しかし、最近の彼の身の回りでは、物事が思うに任せないでいた。別れた妻と親権を争う10歳の息子ヘンリーと会う時間もままならず、病気療養中の父親に面会する暇もない。その上、従兄弟と共同で始めたベンチャー・ビジネスも失敗し、8万ドルの借金を背負っていた。その返済期限は一週間後。そんな時、全米を震撼させた3000億円にのぼる集団薬害訴訟で、被告の農薬会社Ｕ・ノース社の弁護を担当していた同僚のトップ弁護士アーサー・イーデンス（トム・ウィルキンソン）が突然、訴訟の妨害工作に出る。被告有利に進んでいた訴訟における突然の事態を収集するため、マイケルに声がかかる。留置所に拘留されていたアーサーと面会するマイケル。そこで彼は、アーサーが全てを覆す秘密を握っている事を知る。これによって良心の呵責に耐えられなくなったアーサーは、公衆の面前で服を脱ぐという奇行を見せ、留置所に送られたのだった。だが、事実の暴露を目論んでいたアーサーはマイケルに詳細を語る前に死亡。その不審な死の真相を追究するうちに、マイケルも何者かに命を狙われる。さらに、Ｕ・ノース社の訴訟担当者カレン・クラウダー（ティルダ・スウィントン）が現れ、マイケルと対立。やがて、彼はこの事件が単なる企業の隠蔽工作にとどまらない、巨大な陰謀の一部である事に気付くが……。