夏休み前のある日、小学校の帰り道に上原康一（声：横川貴大）は大きな石を拾った。持ち帰って水で洗うと、中から何百年もの間、地中に閉じ込められていた河童の子供が出てきた。康一はこの河童をクゥ（声：冨澤風斗）と名づけた。最初は父・保雄（声：田中直樹）も母・友佳里（声：西田尚美）も驚き、特に妹の瞳（声：松元環季）の抵抗は大きかったが、やがて仲良くなり、クゥのことは家族内の秘密にしようと決める。だがある日、クゥが仲間のところに帰ると言い出した。そこで康一は、クゥの仲間を探すために、河童伝説の残る遠野へと旅に出る。しかし河童の仲間は見つからず、クゥの存在が世間にバレるきっかけになってしまった。遠野から戻ると、自宅の近所には記者がたくさん待っていた。そして保雄は、話題の河童をテレビに出演させるよう会社の上司から命令を受けてしまう。クゥは一家のためにそれを承諾するが、番組にゲストとして出てきた男を目にした途端、クゥは強い恐怖を感じた。彼は遠い昔にクゥの父親を殺した武士の子孫だったのだ。耐え切れずテレビ局から逃げ出したクゥは、追い詰められて東京タワーを登り出し、そこで保護される。康一は淡い想いを抱いているクラスメイトの女子、菊池紗代子（声：植松夏希）からの助言もあり、クゥをマスコミの餌食にしてしまったことを深く反省。一家はクゥを、今でも河童が暮らせる沖縄のある地域に送り届けてやるのだった。