次のポケモンコンテストに参加するため、アラモスタウンへやってきたサトシたちは、アリスという少女に出会う。アリスは、サトシたちを街の観光名所へ案内する。すっかりはしゃぎまわるサトシだったが、その後、何者かによって荒らされた庭園を目撃する。街の有力者であるアルベルト伯爵は、幻のポケモン・ダークライの仕業と確信している様子。その頃、時空の狭間では、ディアルガとパルキアが激しい戦闘を繰り広げていた。そして、二匹のはるか足元には、アラモスタウンが広がっていた。アラモスタウンでは、ダークライが街の人々やポケモン達を、次々に眠らせてしまっていた。アルベルト伯爵は、討伐隊を結成するが、手も足も出ない。そんな時、アリスの幼なじみの科学者トニオは、祖父が残した日記の中に、ある予言を見つける。そこには、“オラシオン”という文字が刻まれていた。トニオは、庭園が荒らされた理由を突き止める。それは、ダークライのせいではなく、パルキアがアラモスタウンに接近したためだったのだ。アラモスタウンに侵入したパルキアは、ダークライで激しい戦闘を始める。更に、パルキアを追ってディアルガまでもがアラモスタウンに現れ、街は壊滅状態となってしまう。