歴史学者でありトレジャー・ハンターでもあるベンジャミン・ゲイツ（ニコラス・ケイジ）の祖父に、リンカーン大統領暗殺事件の真犯人という汚名が着せられた。それを唱えるのは、リンカーン暗殺者の日記を持つウィルキンソン（エド・ハリス）だった。先祖が被った汚名を雪ぐために、ベンは真相の究明を決意する。相棒の天才ハッカーのラリー（ジャスティン・バーサ）と破局寸前の恋人アビゲイル（ダイアン・クルーガー）、さらには離婚して険悪な関係にある父のパトリック（ジョン・ボイド）と母のエミリー（ヘレン・ミレン）の協力も得て、ウィルキンソンが博物館に寄贈した日記に隠された暗号を次々に解いていくベン。そしてたどり着いたのは、アメリカ合衆国の大統領に代々伝えられる“大統領秘密文書”の存在だった。大統領だけが読むことが許されているその書には、JFK暗殺の黒幕やウォーターゲート事件の真相など、アメリカの秘密のすべてが記されているという伝説の一冊だった。その存在を確認するため、ベンは大統領と対面する。彼の熱意を認めた大統領は“大統領秘密文書”の保管場所を教えるが、同時にベンたちは大統領誘拐犯として国防省、FBI、CIAとあらゆる機関から追われる身となる。“大統領秘密文書”を解析し、アメリカ先住民が残した最大の遺産のありかをベンたちは発見する。そこに現れるウィルキンソン。実は彼は日記の暗号を解くためにベンを利用したのだった。実在した黄金都市に驚喜するウィルキンソンだが、仕掛けられた罠に嵌って一命を落とす。彼もまた、ひとりの優れたトレジャー・ハンターだった。莫大な財宝をアメリカに納めたベンの愛国心を、大統領は讃える。そして祖父の汚名も晴らされるのであった。