白バイ警官のメイラス（ニコラス・ケイジ）は、母親と幼い娘が乗る自動車が大炎上したが、現場から二人の死体は発見されないという奇妙な出来事に遭遇して以来、精神的ダメージを負っていた。そんな彼のもとに、8年前に突然失踪した婚約者ウィロー（ケイト・ビーハン）から、彼女の故郷の島サマーズアイルで自分の娘ローワンが行方不明になっている、助けて欲しいという手紙を受け取る。娘の存在を知らされ、半信半疑ながらもメイラスはサマーズアイルへ向かう。その島はシスター・サマーズアイル（エレン・バースティン）の私有地で、集団で農業と養蜂を営んで生活していた。島民は冷たい視線とどこか不気味な雰囲気を漂わせ、ウィローとローワンの写真を見せてもそっけない反応しか返ってこない。奇妙な島に戸惑うメイラスは、ウィローと人目を忍び再会。メイラスが学校に行くと、教師のシスター・ローズ（モリー・パーカー）が女生徒たちに、男性を侮蔑するような教えを説いていた。誰もローワンのことを知らないと言うが、出席簿に彼女の名前を消した痕跡が残っていた。それを突きつけられたローズは、ローワンは事故死して、墓に埋められたと明かした。蜂に襲われたところをサマーズアイルに助けられた彼は、彼女の祖先がこの島で自分たちが理想とする社会を築いてきたことを聞かされる。この島は女性が主権を握り、古風な農耕社会と前近代的な生活をおくり、男たちはただ隷属的に仕事に従事するだけという。男女の主従関係は、蜜蜂の社会に似ていた。メイラスが娘ローワンが眠るという墓地に出向くと、何者かに殺されそうになる。娘ローワンはまだ生きていて、間もなく行われる収穫祭の儀式の生け贄になるのではないか、と思いいたるメイラス。生け贄は、木の枝を組み合わせて作られた巨大な人形ウィッカーマンの中に入れられ燃やされる。そして、メイラスが知らないところでさらに恐ろしい計画が進行していた。