ジェームズ・ノリントンが持ち帰ったデイヴィ・ジョーンズの心臓を入手した東インド会社のベケット卿は、フライング・ダッチマン号を操り、世界中の海賊たちを次々と葬っていた。海賊たちが生き残るには、選ばれた9人の“伝説の海賊”を召集し、一致団結して全面対決するのみ。しかし9人のうちの1人は、クラーケンに飲み込まれて生死不明となったジャック・スパロウ(ジョニー・デップ)だった。ブラック・パール号の乗組員たちは、キャプテン・バルボッサを船長に迎え、中国の海賊を束ねるサオ・フェン(チョウ・ユンファ)から世界の果てまでの海図を受け取り、ジャックの救出に向かう。海図と引き換えにサオ・フェンのそばに置かれたエリザベス(キーラ・ナイトレイ)は、ベケット卿の襲撃に遭い重傷を負ったサオ・フェンより船を託され“伝説の海賊”の1人となる。やがて一行は、ジャックと再会。しかしデイヴィ・ジョーンズの船に父がいることを知ったウィル(オーランド・ブルーム)は、エリザベスから離れて父と行動を共にすることに。“伝説の海賊”9人が集結して評議会が開かれ、海賊王に選ばれたエリザベスの鼓舞でベケット卿に宣戦布告をする。そして、ベケット卿が操り今はウィルも乗船しているフライング・ダッチマン号対“伝説の海賊”たちの決戦が始まる。闘いの中でウィルとエリザベスは和解し、結婚するがその矢先にウィルはジョーンズと相打ちする。しかしジョーンズに代わって新たなフライング・ダッチマン号の船長になることで復活し、ブラックパール号とともにベケット卿の船を挟み撃ちにして撃破する。かくして闘いの日々は終わり、ウィルとエリザベスはブラック・パール号に別れを告げ、10年に一度の逢瀬を約束し合う。10年後、エリザベスが幼い息子と共にウィルの訪れを迎えていた頃、ジャック・スパロウは海原を駆けていた。