少年時代、ゴッサム・シティ一の資産家である両親を凶弾で失ったブルース・ウェイン（クリスチャン・ベール）。ゴッサムの治安と経済の悪化が招いた悲劇に遭遇したことで、ブルースは弱者を痛めつける悪を倒して生きることを決意。力を身につけるために、終わりのない旅に出る。世界中を放浪してたくましく成長したブルースは、犯罪がうずまく裏社会に身を投じ、ついにブータンの刑務所に収監される。そこで出会うデュカード（リーアム・ニーソン）という謎の男。彼は、怪人物ラーズ・アル・グール（渡辺謙）から送られた使者であり、グールは強力な自警団“影の同盟”のリーダーだった。「天の定める正義」の実現を目指す“影の同盟”は、正義のためなら手段を問わない危険な結社でもある。苦行を積んだ経験豊富なデュカードは、ブルースの師匠として心身のトレーニングを指導し、敵の目を欺く術を教え込む。そしてブルースは、ゴッサム・シティへと舞い戻ってきた。だが街は、かつて以上に悪の組織と暴力がはびこり、腐敗が進んでいた。そんな時、ブルースはもう一人の自分の存在に気づく。それが知力、体力とハイテク機器を駆使して悪と戦う仮面の戦士、バットマンだった。また、ウェイン家の使用人の娘で、少年時代の一番の親友だったレイチェル（ケイティ・ホームズ）は、いまや地方検事補となりゴッサムを蝕む悪と必死に闘っていた。しかし、ゴッサムの腐敗は警察組織、司法制度、政界にまで及び、彼女の努力はなかなか報われない。ブルースは、レイチェルの前では軽薄で女好きな男で通し、バットマンであることを悟られてはいけない。一番の親友であるブルースが、ゴッサムの不正や犯罪になぜ無関心でいられるのかレイチェルには理解できない。ブルースが安心して素顔をさらせる相手は、忠実な執事アルフレッド（マイケル・ケイン）だけ。若きバットマンは自らの信念と正義を信じて、ゴッサムの悪を駆逐してゆくが……。