かつていじめられっ子だった村崎十三（小栗旬）。小学生の頃、十三はいつもクラスメイトの赤井トールに苛められていた。ある日の午後、赤井は仲間に十三を床に押さえつけさせ、顔の上で硫酸のビンのフタを開けた。もがく十三の脚が赤井を蹴る。そのはずみで、赤井の手のビンから硫酸がこぼれ、十三の顔が焼けるジュッという音。上がる悲鳴、赤井と仲間たちはそのまま逃げる…。10年後、2階建ての中古アパート、平和荘の13号室に引っ越してきた十三。その真上の23号にも、ちょうど引っ越してきたばかりの一家の姿がある。それは、成長した赤井（新井浩文）の家族だった。高校時代を通して暴走族“犬”のヘッドとしてあらゆる悪事を働いてきた赤井だが、結婚して大工として働き始め、今では幼い息子もいる。だが十三は、今でも赤井へ復讐する機会をずっと狙ってきた。その日々が、十三の中に別人格を生み出していた…。自らを“13号”と呼ぶその分身“13号”に導かれた十三は、赤井の勤める建築会社に新人として入る。職場で赤井は、同僚の関（石井智也）が会社を辞めるかどうかで毎日賭けをしており、彼をずっといじめている。関は新入りの十三に親切にするが、それが気に食わない赤井は事故に見せかけて十三の脚を角材で殴りつける。痛みに我慢できず十三はトイレに駆け込んで泣くが、赤井はトイレのドアを外から押さえつける。ドアを開けようともがく十三。その必死の状態の中、追いつめられた十三は、“13号”（中村獅童）に変わってしまう。“13号”はもの凄い力でドアに蹴りをいれ、赤井が吹っ飛ぶ。出てきた時は十三の姿だが、赤井と関は “13号”の姿を一瞬見るのだった。その日、早退した十三の部屋に、赤井の妻・のぞみ（吉村由美）が引越しの挨拶にきた。息子の勇気とのぞみが買い物に出かけた隙に、十三は“13号”に変わって赤井の部屋に堂々と忍び込む。部屋の中を物色した挙句、盗聴器をこっそりと仕掛けていく…。夕刻、十三を心配して関が訪ねてくる。話をしているうちに打ち解けた十三は、関に、自分が子供の頃、赤井に苛められていたこと、その復讐をしようとしているという「秘密」を告げる。そして、自分の中に“13号”という別人格が存在することも…。関が帰った後、十三は昔の思い出がフラッシュバックして“13号”に変わり、ひとり叫ぶ。隣の部屋の男、金田（三池崇史）が「うるさいよ！」と怒鳴り込むと、“13号”は金田の部屋に押し入り台所包丁でメッタ刺しにする。翌朝、関は赤井に十三のことを話そうとするが、赤井は無視。昼休み、十三が関のところへくる。「君はいいやつだなあ…」“13号”は、バールで関を殴り殺す。死体は建築現場の床下に隠される。夜、のぞみが実家からのみかんのおすそわけに、再び十三の部屋にやってくる。十三はお返しに、旦那と映画のチケットを2枚のぞみに渡す。「僕が勇気くんを預かりますから」。翌日、のぞみは勇気を十三にあずけ、赤井とふたりで映画に出かける。だが十三の意識は、その頃ほとんど“13号”の邪悪さに乗っ取られようとしていた。