先天性の疾患を持つ幼い息子・継夢の為、退官を決意した航空自衛隊Ｆ15Jイーグルのパイロット・真木舜一。ラストフライトで謎の赤い発光体と衝突しながら奇跡の生還を果たした彼は、防衛庁の対バイオテロ特務機関・BCSTの科学担当官・水原沙羅らによって身柄を拘束されてしまう。実は数カ月前、海上自衛隊の有働貴文が青い発光体と遭遇、凶悪怪獣”ザ・ワン“に姿を変え行方をくらましていた。そこで、沙羅たちはザ・ワンを誘き出そうと、真木を利用することを考えたのだ。果たして、彼らの前に出現するザ・ワン。とその時、真木が銀色の巨人”ザ・ネクスト“に変身し、ザ・ワンと激闘を開始した。そう、彼は赤い発光体と衝突した折、青い発光体を追って地球に飛来したザ・ネクストと融合していたのだった。一端は取り逃がしたものの、自らの運命を受け入れた真木＝ザ・ネクストは、再び新宿に姿を現したザ・ワンから人々を、愛すべき家族を守るべく戦いを挑んでいく。そして壮絶なバトルの末、ザ・ネクストはザ・ワンを倒す。それから一カ月後、復興の進む新宿。人々は、自分たちの命を守ってくれた銀色の巨人を、敬意を表し“ULTRAMAN”と呼んだ。