1899年、ロンドンの中心部にある英国銀行が襲撃される。鉄仮面のリーダー“ファントム”率いる超近代兵器で武装した謎の一団は、金魂や札束や宝石類には手をつけず、古い海上都市の設計図面だけを盗んでいった。そして、アフリカで悠々自適の生活を送っていた伝説の冒険家アラン・クォーターメイン(ショーン・コネリー)のもとに、英国政府の使者が訪れ、世界大戦の勃発を防ぐため、ユニークかつ超人的な能力を持つチームのリーダーになることを依頼する。対岸の火事でないことを身をもって悟ったクォーターメインは、ロンドンへ向かう。秘密会議の席上、軍事情報部のM(リチャード・ロクスバーグ)は、ヨーロッパ国家間のテロ行為の黒幕が“ファントム”であると説明し、間もなくベニスで開かれるヨーロッパ列強による極秘の和平会議の妨害を阻止するよう、クォーターメインに命じる。かくしてクォーターメイン以下、潜水艦ノーチラス号のネモ船長(ナサーラディン・シャー)、透明人間のスキナー(トニー・カラン)、半吸血鬼の美女ミナ(ペータ・ウィルソン)が集まり、“ザ・リーグ”が結成される。さらにロンドンでドリアン・グレイ(スチュアート・タウンゼント)、“ファントム”の兵士として潜入捜査していたアメリカの諜報員トム・ソーヤー(シェーン・ウエスト)、パリに潜伏していたジキル&ハイド(ジェイソン・フレミング)を仲間に加え、7人チームとなった“ザ・リーグ”は、“ファントム”の野望を拒むためノーチラス号でベニスへと向かう……。