太平洋戦争がはじまってマニラ湾にいたジョン・ブリックリー大尉（ロバート・モンゴメリー）の率いる第3哨戒魚雷艇隊は湾内哨戒と伝令の任務を与えられた。日本の爆撃隊はフィリピンにも飛来し、副隊長格のダスティ・ライアン中尉（ジョン・ウェイン）は傷を負った。直接攻撃の任務を与えられぬ一同は脾肉の嘆をかこっていたが、バターンを砲撃中の日本巡洋艦攻撃の命が下った。ブリックリーは傷を負っているライアンを病院に送りこみ、自分の41号艇とロング中尉の31号艇とで出撃、首尾よく日本巡洋艦を撃沈したが、31号艇は沈没した。更にほかの1隻が日本船とさし違えて沈没、ブルックリーの許には4隻の艇と3本の魚雷が残るだけになった。ある日ブリックリーはマックアーサー将軍に呼ばれ、オーストラリアに脱出する高級将校をミンダナオ島まで送るよう命じられた。首脳部はフィリピン確保を断念していたのだ。ライアンも入院中恋仲となった看護婦サンディ（ドナ・リード）と別れを告げて任務に加わり、4隻の艇は高級将校の一行を乗せて夜半行動を起こした。そして任務を終えたときは1隻を失い、2隻は修理が必要となっていた。しかし新しい攻撃命令が下り、ブリックリーの艇と修理半ばのライアンの艇が出撃したが、日本軍の反撃にあって離れ離れになった。ライアンは大損害をうけて艇をある島にのりあげた。ブリックリーの消息は分からなかった。事態は急速に悪化し、人々は続々と避難した。ライアンは避難の途中はからずもブリックリーにめぐりあった。魚雷のない41号艇はトラックに積み込まれていた。フィリピン最後の日がきたとき、ブリックリー、ライアンなど4人の将校は艇の改良、乗組員養成の要員として本国帰還を命じられた。本国への機上で、ライアンは恋人サンディが日本軍の攻撃で行方不明になったという噂を聞いた。