マルセイユ沖の海上に漂う一人の男（マット・デイモン）を漁船が救い上げるが、男は記憶喪失に。唯一の手がかりのチューリヒ相互銀行の貸し金庫を開け、パスポートに「ジェイソン・ボーン」との署名やパリ在住との記載を見つけ一安心するが、他5種類のパスポートに多額の札束、1丁の銃が入っており、自分は何者かと焦る。一方CIA 幹部・コンクリン（クリス・クーパー）の元にジェイソン・ボーンが生きていたとの報告が入り、直ちに抹殺指令を下す。追っ手に攻め入られたジェイソンは居合わせたマリー（フランカ・ポテンテ）にパリまで乗せるよう頼み、追っ手を撒くうちに二人は惹かれあう。CIA 工作員として政治家・ウォンボシ（アドウェール・アキノエ・アグバエ）暗殺に携わったと気づいたジェイソンはマルセイユに向かった。途中二人はマリーの元恋人・イーモンを訪れるが、ここにもCIA の殺し屋・“教授”（クライヴ・オーウェン）の魔の手が忍び寄り、ジェイソンはマリーをイーモンらとともに避難させる。コンクリンから過去を聞き記憶を取り戻したジェイソンは、一切自分とは関わるな、と逃れ、CIA から見放されたコンクリンは刺客により殺される。数ヶ月後、開店準備をするマリーの元を、ジェイソンが訪れるのだった。