西暦2346年。一度滅びた世界を再建した後、人口調整の為に全市民に生殖機能を失わせる薬の服用を強要した独裁者・ウーの支配する横浜に、ひとりの流れ者・リョウがやって来た。戦闘用レプリカントである彼は、体制に反対し自由を求める革命家・フォンたちに協力してウー暗殺作戦に力を貸すことになるが、そんな彼の前にウーの腹心警官のホンダが立ち塞がった。革命家たち、そして見つけ次第廃棄処分することになっているレプリカント取り締まりに躍起になるホンダ。だが実は、彼もまたウーの命によって作られたロボットだったのである。そのことをウーに知らされたホンダは、彼に反旗を翻すことを決意。その時、リョウとホンダは運命の糸に手繰り寄せられるように対峙し……合体！ ＤＯＡ2001型ロボットとなって、ウー暗殺へ飛び立つのだった。