両親を亡くし、ひとり淋しく大きな館に暮らしている少女・ミーは、ある夜、考古学者だった父親のシュリー博士が残した奇妙な文字カードを並べていて、人の気持ちに反応し様々な事象を巻き起こす謎のポケモン、アンノーンを古代遺跡から蘇らせる。ミーの寂しい心に反応して、彼女の住むグリーンフィールドという街を結晶で覆うアンノーン。更にそれは、ミーの父親代わりに幻のポケモン、エンテイを呼び出すのであった。そして、エンテイは父親としてミーの母親が欲しいという願いを叶える為、サトシのママをさらってしまう。連れ去られたママを助けるべく、ママが幽閉されている結晶塔へ潜入するサトシやピカチュウたち。彼らはそこで壮絶なバトルを繰り広げるも、エンテイの強大なパワーに阻まれなかなかママを救い出すことは出来ない。しかし、サトシたちは決して諦めようとしなかった。そんな彼らの姿を見て自分の過ちに気づいたミーは、エンテイに闘いをやめるよう指示。暴走するアンノーンを再び古代遺跡に封じ込めようとする。だが、それはエンテイとの別れも意味した…。しかし、ミーはもうひとりぼっちではなかった。今や、彼女にはサトシやピカチュウという友達があり、何より遺跡へ発掘調査に出かけたきり行方不明になっていたシュリー博士が、無事、グリーンフィールドへ帰って来たのだから。