オレンジ諸島の旅を続けるサトシたちの船が突然の嵐で流され、アーシア島に漂流する。お祭りで賑わうその島で、サトシは島の少女・フルーラに祭りの行事である"すぐれたあやつり人"の役目をおわされた。その頃、世界中の珍しい物を集める謎のコレクター、ジラルダンが、海の神と呼ばれる幻のポケモン、ルギアを手に入れようと画策していた。ルギアをゲットするために必要な、自然界を司る火の神・ファイヤー、雷の神・サンダー、氷の神・フリーザーを捕まえるため、オレンジ諸島に乗り込んだ。だがその途端、自然界のバランスが崩れ、世界は異常気象と天変地異に見舞われる。しかも、3つの神はバトルを展開。このままでは、世界は破滅を迎えてしまう！とその時、3つの神の戦いを止めるべく、海からルギアが現れた。だが、ルギアだけの力では暴れる神々を鎮めることは出来ない。そこで、サトシが言い伝えのすぐれたあやつり人の役であることを知ったルギアは、彼に協力を求めた。世界の危機を救う為、サトシはピカチュウやカスミ、ロケット団の助けを借りて任務を遂行。3つのお宝を祭壇に奉り、3つの神を鎮めることに成功する。こうして、世界の平和は取り戻され、3つの神はそれぞれの島に戻り、ルギアも海に帰り、サトシたちも更なる旅へと出て行くのであった。だが、ジラルダンはまだ何かを企んでいた…。