東京・秋葉原の路地裏でCD-ROMの修復をしている、アキバの直し屋タカシの通称で知られる孝は、ある日、良美という少女の訪問を受ける。彼女は孝に1枚のディスクの修復を依頼するが、彼がそれを機械にかけた途端、奇妙な電子音が鳴り響いて、孝はひどい頭痛に襲われてしまった。これがきっかけとなり、孝の中では不思議なパワーが覚醒する。孝は、昌美というもうひとつの人格を持つ良美に襲いかかる謎の暗殺者たちと戦うことになるが、自分でも信じられないほどの力を発揮して、その戦いに勝利していった。その後、あまりの頭痛のひどさに病院に担ぎ込まれた孝は、そこで自分の頭の中にマイクロチップが埋め込まれていることを知り愕然となる。真相をつかむために伝説のハッカー、ウィザードを探し出した孝は、ウィザードの手で修復されたCD-ROMを開き、内務省の極秘計画を発見した。そこには、マイクロチップを頭に埋め込んで人間兵士を製造する恐ろしい計画が記されている。マイクロチップが埋め込まれていた孝と昌美は、その実験施設で生まれた人造人間であり、このプロジェクトの実験材料だったのだ。自分の記憶が他人に作られた偽物であったことにショックを受けた孝は、体の中に覚醒していく本来の自分と、自己のアイデンティティをかけて壮絶なバトルを展開する。昌美の助けもあって勝利を収めた孝は、自分と昌美に埋め込まれたマイクロチップをえぐり取った。植えつけられた偽の記憶の人生を本当の人生として、再び秋葉原の路地裏に戻った孝は、その後の人生を昌美とふたりで生きていこうとする。