宇宙恐竜ゼットンとの戦いに敗れたウルトラマンはスランプに陥っていた。ハヤタ隊員も怪獣総攻撃の予感に不安を隠せない。そんなある日、謎の円盤が飛来し、科特隊の面々はさっそく出動するが、それは立体映像による宇宙人の罠だったことが分かる。科特隊の留守に宇宙人は基地を襲った。急ぎ帰還した科特隊は宇宙人を倒すが、それを皮切りに怪獣総攻撃が開始される。日本全国で暴れる怪獣を退治するために、ハヤタはウルトラマンに変身して、分身の技を駆使しながら怪獣を倒していった。同じ頃、科特隊の基地はゼットンからの攻撃を受けていた。ウルトラマンは、宿敵ゼットンを倒すために基地へ向かうが、一度味わった敗北が脳裏に蘇って苦戦を強いられる。カラータイマーが点滅して、パワーも限界に達しようとしていたその時、イデ隊員が開発したウルトラマン用のスタミナ剤が、ウルトラマンに向けて放たれた。これによってパワーを回復したウルトラマンは見事ゼットンを倒し、スランプからも脱することができた。