西暦二〇五〇年、高度技術文明がひとつの絶頂期を迎えようとしているとき、中心核での核融合反応に異常をきたした太陽は、自己の持つ制御能力を失ってしまった。それによって太陽内部の磁力線が地球の自転引力によってよじれ、核融合の燃料である水素の供給を妨げている上、膨張し続ける太陽は地球を絶滅へと追い込んでいくのだった。アステロイドベルトの小惑星工場ニュートリニティでは反物質爆弾の製造が始まった。この爆弾を太陽に打ち込み異常爆発を地球から離れた所に誘発し、エネルギーを放出させて、太陽を正常に戻そうという計画だった。宇宙ステーションスカイタウンでは、作戦総責任者スキート・ケルソ海軍提督のもと、宇宙船ヘリオス艦長に息子のスティーブ・ケルソ、日本人パイロット＝ケン・ミナミ、そして、遺伝子操作で生まれたバイオジーン＝アレックスら精鋭たちが集結し、地球の未来をかけてヘリオスは発進した。だが、ヘリオスのミッションを妨害しようと企む組織ｉＸＬ社によって、宇宙では不審な事故が続いていた。五トンもの反物質爆弾を積み、太陽の周囲軌道に入ったヘリオスだったが、ｉＸＬの陰謀でひそかに手術されたアレックスによって自爆装置が入れられ予定よりも早くカウントダウンを始めた。ミナミの活躍によって危機は逃れたものの、ミナミは傷つき倒れてしまう。そして遂に反物質爆弾を発射する時がきた。パイロット候補のミナミは動けない。スティーブは自ら爆弾を積んだラー機に乗り込もうとしたが、その時、アレックスが機内に飛び乗り、反物質爆弾は太陽に向かって発射された。そして、爆弾は見事命中し、太陽に爆発した。こうして地球は救われたのだった。