二十世紀の終り。地球上の怪獣はすべて、小笠原諸島周辺の海洋牧場の怪獣ランドに集められ、コントロール・センターの研究材料になっていた。ある日、怪獣ランドが不思議な霧につつまれ怪獣が、その恐暴性を発揮したのだ。世界中の各首都が、ゴジラ、モスラ、バラゴンによって破壊されようとしていた。この非常事態に対処すべく命令された日開発基地のＳＸ3号は、機長山辺の指揮の下に地球に帰ってきた。しかしコントロールセンターの大谷博士や技師真鍋克子は、キアラク星人にリモート・コントロールで動かされていたのだ。白衣の美女の姿をしたキアラク星人は地球征服を目ざし、怪獣ランドを占領、怪獣たちを自由に繰っていたのだった。山辺たちは大谷博士を奪還したが、博士はそのまま死んだ。一方、克子はキアラク星人の手先となって怪獣操縦機を持って東京に姿を現わした。山辺はそんな克子のつけている耳輪がキアラク星人のリモコン装置と見破り、これを外して克子を地球人に戻してやった。また地球の科学陣も必死にキアラク星人の前線基地の所在を探し、それが月面の“カッシー噴火口”にあることをつきとめた。山辺は早速ＳＹ3号で月に向った。ＳＹ3号の装備している強力なメーサー掘削機で、山辺たちは高温に保たれているキアラク星人の基地を破壊した。そのとたんに、キアラク星人は岩石化してしまった。彼らの生存にとって高温は絶対条件だったのだ。そのころ地球でも怪獣の操縦装置が発明され、ゴジラたちはキアラク星人たちの操縦するキングギドラと凄絶な闘いをくり展げた。やがて、キングギドラを倒したゴジラたち怪獣は再び怪獣ランドに帰っていった。