戦国末期。伊賀の国には高技術を誇る忍者が輩出した。その中に石川村の五右衛門がいた。彼は三太夫の配下に属する下忍（最下級の忍者）だった。その頃、全国制覇の野望に燃える織田信長は宗門め掃討を続けた。そんな信長に対し、天台、真言修験僧の流れをくむ忍者の頭領、三太夫は激しい敵意を持ち下忍達に信長暗殺を命じた。一方、三太夫と対立中の藤林長門守も信長暗殺を命令していた。その頃、五右衛門は何故か信長暗殺を命ぜられず三太夫の妻、イノネと砦にいた。彼女の爛熟した体は若い五右衛門に燃え上り、彼らはもつれた。が、三太夫は女中のハタに二人を監視させていた。五右衛門はその気配を覚りハタを追ったが、その間にイノネは三太夫に殺された。が、五右衛門は三太夫に信長を暗殺すれば罪を許すとささやかれた。五右衛門は京に出て信長を狙ったが、その都度、織田信雄、木下藤吉郎らに阻まれた。信長を追って堺に来た五右衛門は一軒の妓楼でマキという遊女と知り合い、彼女の純心さに惹かれていった。ある日、五右衛門はハタにめぐり合い、イノネが三太夫に殺されたことを知り、全てが彼の策略だったことを知った。怒りにもえた五右衛門は急拠伊賀へ帰り三太夫を面罵したが、彼は逃げ去った。五右衛門はマキと一緒に山中の小屋で日々を送った。ある日、突然三太夫が現われマキを人質にした。五右衛門は愛する者のため三太夫の命に従い安土へ走った。その頃、信長は豪壮な安土城を築き得意の絶頂にあった。折りからの築城祝いに乗じ信長の寝所の上に忍び込んだ五右衛門だが、信長毒殺は失敗に帰した。信長は急拠伊賀攻めを敢行した。三太夫の砦はすぐに包囲され、建物は炎上していた。が、忍者達は必死に戦った。信雄の采配が一閃した。と、一団となって砦になだれ込む兵達－－。瞬間、五右衛門も砦へとび込み三太夫を探したが、情婦と共に死んでいる三太夫を見て愕然とした。何と長門守と同一人物だったのだ。山道へ走り出た五右衛門の顔ははればれと明かるかった。