“柳生武芸帳”は水月、浮舟の二巻からなり、表面は柳生新蔭流の極意書といわれているが、一旦公表されれば天下騒乱の原因にもなろうという秘密の文書であった。江戸の柳生邸には水月の巻が、京の五条中納言邸に浮舟の巻があったが、何事かを企む浮月斎一味に狙われるところとなった。その頃、江戸城内では、大老酒井雅楽頭が柳生十兵衛を呼びつけ、武芸帳の秘密を究明するよう命じた。一方、清姫は浮舟の巻を尺八に仕込んで江戸へ向うが、一味に襲われ、尺八を捨てた。これを拾ったのが霞の千四郎という若者。浮月斎、千四郎の父、柳生石舟斎の三人は、かつて家康の下で働いていた忍者だったのだが、結局、柳生のみ栄えたので、柳生は浮月斎と千四郎の共同の敵にあたるのだった。仲間入りを勧める浮月斎を断った千四郎は危うく殺されかけた。これを助けたのが、奇しくも浮舟の巻の行方を探す柳生十兵衛。清姫は千四郎の妹梨花に助けられ、舞台は江戸へと移っていった。浮月斎と十兵衛は、浮舟、水月の巻を賭けて左京ケ原閻魔堂で対決した。卑怯な浮月斎の作戦でさすがの十兵衛も苦戦に陥るが、これを助けたのが、偶々十兵衛に対決を申し入れていた霞の千四郎。浮月斎らは幾度となく十兵衛に挑んだが、それはますます十兵衛と千四郎を結びつける結果となり、十兵衛は千四郎が慕い始めた清姫に会わせてやるのだった。浮月斎の後には、柳生一門、それにつながる伊豆守、彦左衛門らの勢力をそがんとする雅楽頭がひかえていたのだ。覚悟を決めた十兵衛は、深夜、家光の寝所に忍び入って武芸帳の秘密を告げ、家光に手渡すことを誓う。だがその間に、柳生邸は浮月斎一味に襲われ、水月の巻を奪われた。やがて、江戸城で武芸帳を披露することになった。勝ち誇った雅楽頭が、十兵衛に水月の巻を迫った時、十兵衛の手裏剣が天井に飛び、そこに千四郎に取り押えられた浮月斎の血がしたたった。水月の巻は十兵衛の手に戻り、私欲のために騒ぎを起した雅楽頭も捕われた。