十七世紀中頃の日本、過酷な弾圧が切支丹に加えられ、阿鼻叫喚の声がここかしこに渦巻いていた頃、闇夜の中を九州肥前の地に、日本人キチジローに案内されてひそかに渡来した二人のポルトガル人司祭ガルペとロドリゴには、布教の最後の布石たらんとする気概と、同時に二十年前に渡来し、捕えられた恩師フェレイラの消息を探りたいという願いがあった。隠れ切支丹の村人たちは、彼らの到来に感動の嗚咽をもらし、二人を匿まうが、フェレイラについては一様に黙して語ろうとしない。布教に忙殺されていた二人に、役人の手がのび、信徒に犠牲者がでる。役人の詮索が厳しくなる中で、ロドリゴはキチジローに銀数粒で役人に売り渡される。幾度も背教と告悔とを繰り返しているキチジローは、「俺は弱かもんじゃ、ゆるしてつかわさい」と泣きさけぶ。捕えられたロドリゴの前に、切支丹たちから鬼と恐れられている長崎奉行、井上筑後守が現われ宣教者は罪なき百姓たちの血を流す加害者だと極つける。そして、信徒としての前歴をもつ筑後守とロドリゴの間に、日本に於ける基督伝道の是非を問う緊迫した論争が繰り広げられる。筑後守は、温和な外貌に似合わぬ残酷な詮議を、信徒や神父に加える。彼は、神父を転宗させることが切支丹根絶の根本的方策と考えているのだ。ロドリゴは、牢の中で若い夫妻の拷問を見た。岡田三右衛門と名のる、その侍の妻菊は夫の命を救うために思わず踏絵をしてしまう。菊の真情と、そのための棄教はロドリゴにショックを与えた。一方、ガルペは己れが転宗を誓わぬばかりに、水刑に処された信徒の後を追い、自ら命を絶った。数日後、信徒の処刑を見せつけられてやつれ果てたロドリゴを、意外にも侍装束に身を包んだフェレイラが訪ねてくる。フェレイラは、日本に基督教は育たない、とロドリゴに転宗を促し、如何に祈ろうとも基督は現われない、何も言ってはくれないと苦渋に満ちた表情で言い切る。逆さづりにされた信徒のうめき声、フェレイラの「お前が転べばあの者たちは救われるのだ」という声が牢内に響きわたり、ロドリゴは己が信仰を貫くか、日本人信徒たちを救うために棄教するか、殉教と背教の二者択一を迫られる。そして、フェレイラの「もし基督がここにおられたら彼等のために転んだだろう、愛のために」という冷たい声に、遂にロドリゴは屈する黎明のほのかな光の中でロドリゴは踏絵の基督像を踏み長い幽閉生活に入った。ある日、彼の部屋に一人の女が投げ込まれた。それは、夫の命を救うために転宗した女菊だった。