1919年、プラハ。カフカ（ジェレミー・アイアンズ）は昼は労働者災害保険協会で事務員として働き、夜は小さな屋根裏部屋で小説を書く、単調な毎日を送っていたが、ある夜数少ない友人だった同僚が失踪、ただひとりで調査を開始した。しかし、同僚の恋人ガブリエラ（テレサ・ラッセル）は奇妙なことにそんな男は知らないと言い、カフカを誘惑する。その夜遅く、カフカは突然呼び出されて死体置き場で友人の遺体を確認、グルーバック刑事（アーミン・ミューラー・スタール）は自殺と断定するが、カフカは強い疑問を抱く。次の夜、彼はガブリエラに誘われてアナーキストの集会に出席、友人が医療記録部門のミスで、街を監視するようにそびえる_城_に呼び出されていたことを知る。彼らに_城_の秘密を探るため、調査を依頼されたカフカは事務所長（アレック・ギネス）を訪ね、記録のすべてが、_城_に送られていることを発見する。しかし、カフカがアナーキストたちの集会場へ行くと、彼らは全員殺されていた。翌日深夜、協会で残業していたカフカは、窓を破って侵入してきた不気味な笑う男に襲われ、家に逃げ帰る途中で2人の男に銃をつきつけられて城へ連行されそうになる。間一髪、カフカはビズルベック（ジェローン・クラッベ）と名乗る男に助けられ、墓地にある城への秘密の通路を聞き出す。潜入に成功したカフカが見たものは、複雑に入り組んだ事務所のような、官僚主義の悪夢そのものの迷宮だった。そして、医療部門の責任者ムルナウ博士（イアン・ホルム）こそが一連の事件の真犯人であり、巨大な顕微鏡を使って人間の脳を研究、笑顔で従順に働く改造人間を開発していたのだった。ガブリエラもいつの間にか捕らえられて、まさに改造されようとしていた。カフカはやっとのことで博士の手下から逃れ、博士は混乱の中で自滅するが、城の機構はあまりにも巨大であり、カフカは再び単調な日常に戻っていくほかなかった。