核による世紀末戦争のため、近代文明は崩壊。この時代は、人間が自己そのものを武器とする、バイオレンスの時代だった。一子相伝の暗殺拳、北斗神拳の伝承者ケンシロウは、先代リュウケンの養子（四男）だが、同じく養子の長男ラオウ、三男ジャギを抑えて伝承者に選ばれていた。彼には南斗聖拳の流れをくむユリアという美しい恋人がいた。ユリアに横恋慕する南斗の男シンは、まだ未熟なケンシロウを痛めつけ、彼女を奪い去ってしまった。この闘いでケンシロウの胸には無惨な七つの傷あとが残された。この様子を見ていたラオウとジャギ。ジャギはラオウの許しを得て、ケンシロウを谷底へ突き落とし、自ら北斗神拳の伝承者と名のった。そして、ラオウは世紀末世界の覇者となることを誓う。それからＸ年。戦争で両親を失った孤児、バットとリンは怪物のような男に救けられた。その男こそ、復讐心に燃えて死の淵から甦ったケンシロウだった。やがてケンシロウは、南斗水鳥拳の使い手レイと出会う。レイは胸に七つの傷を持つ男に妹アイリをさらわれ、ケンシロウを犯人でないかと疑う。実はジャギが、ケンシロウの名を語って悪業をかさねているのだった。ケンシロウとレイはジャギの居城へ踏み込み、ジャギを倒した。そこへ後を追って来たリンとバットが着く。彼らはジャギから聞き出した、ユリアのいるサザンクロスの街を目指した。それを知ったシンは、ユリアとの婚礼の準備を始めた。ユリアは監禁されている塔から抜け出したが、今や拳王と名乗るラオウに捕えられた。シンを倒し、ユリアがラオウの手におちたことを聞かされたケンシロウは、ラオウの住むカサンドラの街へと向かった。ユリアを見つけたレイはラオウにむかい、南斗究極の必殺技をくり出す。リンの心の叫びを聞きつけ、ケンシロウが駆けつけるが、一足遅く、ラオウの指はレイの胸をつらぬいた。ケンシロウとラオウの対決の時が来た。ラオウの闘気にはじきとばされてしまうケンシロウ。だが、ラオウがリュウケンを殺したのは自分であると告げた時、彼の怒りは頂点に達した。二人の闘気がぶつかり、その波動はビルをゆるがし地面を割った。ケンシロウとラオウは、血まみれになりながら死闘を続ける。ラオウが倒れたケンシロウの頭を踏みつぶそうとした瞬間、リンが闘気とは異なるオーラを身につけて近づいてきた。殺し合いを止めるよう懇願するリン。ラオウは「この拳王を追っていたのはお前だったのか。早く大きくなれ」と謎めいた言葉をリンに残し、立ち去った。ケンシロウもまた、闘いの混乱のさなかに、行方のわからなくたったユリアを求めて旅立った。