西暦2203年。水の惑星、アクエリアスが、楕円軌道に乗って地球に向っていた。地球は今、再び3000年前のノアの大洪水のような危機を迎えようとしていたが、地球の人人はまだこの事実に気づいていない。銀河系の彼方では、多くの星同士が衝突を起こしており、地球防衛軍は、古代進を艦長とする宇宙戦艦ヤマトを調査に派遣する。その一帯にあった星間国家ボラー連邦や、デスラー総統のガルマン・ガミラス帝国は壊滅状態にあった。恒星の爆発を避けフリーワープしたヤマトは、水の惑星アクエリアスの影響で水没しかけている惑星ディンギルの近くに姿を現わした。ディンギルはヤマトの目の前で爆発した。地球に向うヤマトの前に、爆発した星から逃がれたディンギル帝国の大機動艦隊が立ちふさがった。恐るべき科学力を持ったこの艦隊の攻撃を受け、ヤマトは送信不能の状態に陥ってしまう。ディンギル帝国のルガール神官大総統は、爆発した自分の星に代わって、地球に移住する計画を立てていた。そのために、アクエリアスを超熱核エネルギーでワープさせ、地球を水没させたあと移住しようと企んでいた。アクエリアスは地球まで16日と迫っていた。ヤマトはやっとの思いで地球に帰還するが、古代は瀕死の状態にあった。しかし、恋人、森雪の懸命の祈りが通じ、古代は生死の境から生き返った。その頃、ルガールII世率いるディンギル星艦隊は地球艦隊を撃滅させ、一歩一歩、地球に足を伸ばし、アクエリアスの地球接近もあと9日に迫っていた。もはや敵に対抗できるのは、大修理を終えたヤマトしかなかった。一度はヤマトに別れを告げた古代だが、懐かしい沖田艦長の声に、再び戦いに戻る決意をする。沖田はかつて病に倒れたが脳死に至らず、ヤマトの旅立ちのために戻ってきたのだ。よみがえった沖田艦長のもと、全地球の祈りを受けてヤマトは発進した。もちろん、古代も戦闘班長として雪と共に参加していた。そして、ヤマトの自爆はみごとに、ディンギル星の野望を打ちくだき、アクエリアスの接近から地球を救うのだった。