西暦2024年。地球はオゾン層を失い、巨大なシールドに覆われていた。シールドの開発者のひとり、コナー・マクラウド（クリストファー・ランバート）は、今や65歳の老体になっていた。彼は惑星ザイストから追放され、地球で超人たちと闘い、最後の超人となり、首を切り落とされない限り永遠の生命を保つハイランダーから人間へと変わったのだ。地球は常に高温・高湿、その不快な気候を管理するネイマン（アラン・リッチ）率いるシールド・コーポレーションに、反抗を企てるコバルトと呼ばれる一団があった。その指導者ルイーズ（ヴァージニア・マドセン）がマクラウドに接近する。その頃、マクラウドの前に、惑星ザウストの悪の将軍カターナ（マイケル・アイアンサイド）から送り込まれた刺客2人が現れる。マクラウドは彼らを倒し、再び超人ハイランダーになった。彼は超人ラミレス（ショーン・コネリー）を復活させるため、彼の名を叫んだ。マクラウドはルイーズと一夜をともにし、自分の正体を彼女に話す。その時、ラミレスが戻った。マクラウドにオゾン層が回復したという極秘情報を漏らしたネイマンを、シールド社の実権を握るブレーク（ジョン・Ｃ・マッギンレイ）が収監した。惑星ザイストよりカターナが地球に飛来、ブレークと手を組む。マクラウド、ラミレス、ルイーズの3人は、敵に立ち向かう。ネイマンは息絶え、ラミレスはエネルギーを使い果たして消滅してしまうが、マクラウドはカターナを追いつめて首を落とし、地球を覆っていたシールドも解かれるのだった。