1991年、カリフォルニア州モハド砂漠に不時着した宇宙船に乗っていた30万人のエイリアンが、“ニューカマー”としてアメリカ全土に移住してから3年の月日が流れたある夜、ロスのエイリアン移住地区で起きた強盗殺人事件で相棒を殺されたロス警察のサイクス（ジェームズ・カーン）は、ニューカマーの刑事サム・フランシスコ（マンディ・パティンキン）とコンビを組み、事件を捜査することになった。その頃、この強盗事件と同一犯人と思われる殺人事件がたて続けに2件起きていた。サイクスはエイリアンに偏見を抱いていたが、やがて捜査を進めてゆくうちにフランシスに対して友情を抱くようになっていた。ある日、海岸にニューカマーの死体が打ちあげられた。この新種族が海水に溶けることを知っている者の犯行である。さらに検死の結果、被害者の体内からススジャブロッカと呼ばれる、エイリアンを奴隷状態におくために使用される麻薬が発見された。2人は移民局にゆき、コンピューターでこれまでの被害者の関連を探ってゆくうちに浮かびあがってきたのは、ニューカマーの財界の期待の星として脚光を浴びているウィリアム・ハーコート（テレンス・スタンプ）であった。そして彼が石油工場という名目の下に、ススジャブロッカの密造を行なっていた事実をつきとめた2人はハーコートを追いつめ、激しい銃撃戦とカー・チェイスの果てに、彼はサイクスの目の前で毒薬をあおるが、実はそれは大量のススジャブロッカで、これによってハーコートはエイリアンとして甦った。絶体絶命の窮地に立たされたサイクスは、フランシスコの機転でハーコートを撃ち殺し、こうして事件は解決した。