1536年、スコットランドの荒野。コナー・マクロード（クリストフ・ランベール）率いるハイランダー（高地民族）の一族が黒い騎士と呼ばれる獰猛クルガン（クランシー・ブラウン）率いるフレイザー一族と激しい交戦を展開し、コナーは死亡した。しかし、彼は蘇りそのためにかえって村人たちの不信をかい、村から追放された。山奥でヘザー（ビーティ・エドニー）という女性と結婚し鍛冶屋を始めるコナー。それから5年、ラミレス（ショーン・コネリー）というスペイン人がコナーの前に現われ、意外な事実を告白した。自分を含めて、コナー、クルガンらは、首をはねられない限り永遠の時を生きる運命にあり、彼らは“究極の宝”を求めて未来の“集合の時”へ向けて戦い抜くよう運命づけられているという。その後、、ラミレスはクルガンに首をはねられた。不老不死のコナーは、ヘザーが老いて死んでゆくのを永遠の若さのまま見とどけることになる。その辛さから二度と人を愛さないと心に誓った。現代のニューヨーク。マジソン・スクエア・ガーデンの地下駐車場で無惨な死体が発見された。事件を追う市警の女性鑑識課員ブレンダ（ロクサーン・ハート）は、事件現場から、紀元前600年頃のものと思われる太刀の破片を発見し調査を続けた。やがて彼女はナッシュという若い古物商と知り合い、その男の神秘性に惹かれるものを感じた。執拗に彼の身許を調べ、彼が、700年代から生き続ける不死の存在と知り、愕然とした。彼はコナーだった。コナーの内部にも再び愛が甦ってきた。一方、行く先々で殺りくの限りを尽していたクルガンは、ブレンダを誘拐した。彼女を救出するために廃工場へ行くコナー。そこで戦闘の末にクルガンの首をはねた。その後、高原で談笑するコナーとブレンダの姿があった。