冷たく深い北の海を、モーツァルトを響かせながら潜航する原子力潜水艦〈やまと〉。米第7艦隊を東京湾海戦で圧倒し、ニューヨークへ針路をとった〈やまと〉は、アメリカとロシアの国境線であるベーリング海峡に差し掛かかろうとしていた。だがその時、一隻の潜水艦が背後に迫ってくる……。「核テロリスト〈やまと〉を撃沈せよ――」それは、ベネット大統領が送り込んだ、〈やまと〉の性能をはるかに上回るアメリカの最新鋭原潜であった。時を同じくして、日本では衆議院解散総選挙が行われる。〈やまと〉支持を表明する内閣総理大臣・竹上登志雄（笹野高史）は、残るも沈むも〈やまと〉と運命を共にすることとなる。一方、海江田四郎（大沢たかお）は、オーロラの下、流氷が浮かぶ北極海で、この航海最大の難局に立ち向かう……。