アルプス山脈にあるマイリズチーズ社の社長にしてスイス大統領でもあるマイリ（キャスパー・ヴァン・ディーン）は、自社以外のチーズを法律で禁止していた。マイリに反対するデモが行われるが、軍により多数の犠牲者を出し鎮圧される。20年後、アルプス山麓の山小屋に暮らすハイジ（アリス・ルーシー）は、ペーター（ケル・マットセナ）と交際中。ハイジを育てたおじいさん（デヴィッド・スコフィールド）は、ペーターには悪い噂があると反対するが、ハイジは聞く耳を持たない。しかし、ヤギのチーズを闇で売りさばいていたペーターは、クノール司令官（マックス・ルドリンガー）に、見せしめに処刑される。追われる身となったハイジは山小屋までたどり着くが、クノールの部隊に包囲され、おじいさんは山小屋もろとも炎に包まれる。ハイジは捕まり、矯正施設に入れられる。ハイジは同房の少女クララ（アルマル・G・佐藤）と仲良くなるが、施設長ロットワイラー（カーチャ・コルム）と副官ルッツ（レベッカ・ダイソン＝スミス）に目をつけられ、先輩女囚から虐められる。ハイジは隙をついて施設長を殺害し、脱走。クノールはハイジを追跡し、20年前のデモでハイジの両親を殺したのは自分だと告げる。追い詰められたハイジは断崖絶壁から飛び降り、クノールはハイジは死んだと報告する。かろうじて生き延びたハイジは、廃墟と化した教会にたどり着く。その頃マイリは世界征服を目論み、人を凶暴なバケモノと化すウルトラチーズを開発していた。ハイジが教会でスイス伝統の武器ハルバードを見つけると、母なる大地の守護者ヘルヴェティアが現れる。ハイジの復讐心と愛国心を見抜いたヘルヴェティアは、ハイジを戦士に育てるべく訓練を施す。ハイジはマイリズチーズ社を襲撃するが、人間兵器ニュートラライザーに敗れ、捕らえられる。目を覚ますと、スイス相撲シュヴィンゲン大会会場だった。闘技場に引き出されたハイジの前に、再びニュートラライザーが現れる……。