世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設“パシフィック・ブイ”が、東京・八丈島近海に建設される。本格的な稼働を前に、ヨーロッパの警察組織・ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結する。そこでは顔認証システムを応用した、とある“新技術”のテストも進められていた。一方、コナン（声：高山みなみ）たち少年探偵団一行は、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていた。すると、コナンのもとへ沖矢昴こと赤井秀一（池田秀一）から1本の電話が入る。ユーロポールの職員が、ドイツでジン（堀之紀）に殺害されたというのだ。コナンは不穏に感じ、パシフィック・ブイの警備に向かっていた黒田兵衛たち警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入する。すると、システムの稼働に向けて準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐され、彼女が持っていたある情報を記録したUSBが組織の手に渡ってしまう。そして、八丈島に宿泊していた灰原（林原めぐみ）のもとにも黒い影が忍び寄っていた……。