17世紀イタリア。幼い頃から聖母マリアと対話し奇蹟を起こす少女とされていたベネデッタは6歳の時、両親に連れられ修道院に出家する。18年後、純粋無垢なまま成人したベネデッタ（ヴィルジニー・エフィラ）は、ある日、家族から逃れるため修道院に逃げ込んできた若い女性バルトロメア（ダフネ・パタキア）を助ける。様々な心情が絡み合い2人は秘密の関係を深めてゆくが、同時期にベネデッタが聖痕を受け、イエスに娶られたとみなされ新しい修道院長に就任。周囲に波紋が広がるが、民衆には聖女と崇められベネデッタは権力を手にする。そんななか、ベネデッタに疑惑と嫉妬の目を向けていた元院長シスター・フェリシタ（シャーロット・ランプリング）の娘シスター・クリスティナ（ルイーズ・シュヴィヨット）の身に耐えがたい悲劇が起こる。やがてペストが流行し始め、ベネデッタを糾弾するため教皇大使ジリオーリ（ランベール・ウィルソン）が来訪。町全体に更なる混乱と騒動が降りかかろうとしていた……。