地球温暖化による飢饉が人類を襲い、科学者たちは新たに居住可能な惑星を探し始める。そして迎えた2063年。可能性を秘めた惑星が発見され、探査隊を派遣することになる。航行にかかる期間は86年。その宇宙船ヒューマニタス号の乗員は、訓練を受けた30人の子どもたちと、彼らの教官リチャード（コリン・ファレル）だった。子どもたちは船内で成長して子孫を残し、惑星に到達するのは孫の世代となる予定。子どもたちはリチャードに従い、計画は順調に進んでいく。それから10年。クリストファー（タイ・シェリダン）とザック（フィオン・ホワイトヘッド）は、毎日飲む薬によって、自分たちの人間としての欲望が抑制されていることを知る。そして、反発した乗員たちは本能の赴くまま行動するようになり、ある事件をきっかけに、船内の統制が崩壊していく……。