ジュラシック・ワールドが存在した島“イスラ・ヌブラル”が火山の大噴火で壊滅、救出された恐竜たちが世界中に放たれてから4年。人類はいまだ恐竜と安全に共生する道を見出せずにいた。そんな中、オーウェン（クリス・プラット）とクレア（ブライス・ダラス・ハワード）は、山小屋で恐竜の保護活動を続けながら生活していた。2人と共に暮らすのは、14歳になったメイジー（イザベラ・サーモン）。ジュラシック・パーク創設に協力したロックウッドの亡き娘のクローンとして誕生した少女だ。オーウェンたちが人里離れた土地で暮らすのは、メイジーを守るためでもあった。ある日、オーウェンは子どもを連れたヴェロキラプトルのブルーと再会する。ところが、何者かにブルーの子どもが誘拐される事件が発生。ブルーに子どもの奪回を約束したオーウェンは、クレアと共に救出に向かうが……。一方、サトラー博士（ローラ・ダーン）は、ある目的のため、世界各地から恐竜を集めて研究する巨大バイオテクノロジー企業“バイオシン”を追っていた。そこへグラント博士（サム・ニール）も駆けつけ、マルコム博士（ジェフ・ゴールドブラム）に協力を求める。人類と恐竜の共存の前に立ちはだかるバイオシンの恐るべき計画とは……？ オーウェンとクレア、そして3人の博士は大切な命と世界の未来を守り抜けるのか……？